Материнська плата Supermicro MBD-X11DAI-N-O відзначається розміром формфактора E-ATX та фізичними розмірами 12" x 13" (30,48 см x 33,02 см). Вона підтримує два процесори 2-го покоління Intel Xeon Scalable та Intel Xeon Scalable з роз'ємами LGA-3647 (Socket P).
Щодо вбудованих пристроїв, материнська плата використовує чіпсет Intel C621 та контролер Intel C621 для 10 портів SATA3 (6 Гбіт/с) з підтримкою RAID 0, 1, 5, 10. Також оснащена графічним чіпом ASPEED AST2500, двох мережевих контролерів GbE від C621, та роз'ємами USB 3.2 Gen1 та Gen2.
Материнська плата має 4 слоти PCIe 3.0 x16, 2 слоти PCIe 3.0 x8, та інтерфейс M.2 PCIe 3.0 x4 для збільшення можливостей розширення. Біос розміром 32 МБ AMI SPI Flash ROM забезпечує стабільну і надійну роботу системи. Додаткові переваги включають підтримку технологій Node Manager, захист від перегріву процесора та виявлення вторгнень у корпус.